No.6

Kể từ giây phút cứu được một cậu bé tự xưng là Nezumi, cuộc đời của Shion đã thay đổi mãi mãi. Shion là một cậu bé được nuôi dạy như người thuộc tầng lớp ưu tú nhất từ khi còn 2 tuổi, sống trong khu vực No.6, ở thành phố trong những năm 2013. Đêm sinh nhật thứ 12 của Shion, cậu đã giúp Nezumi trốn thoát khỏi Khu Vực An Ninh Đặc Biệt của thành phố. Những sự kiện sau đó đã ảnh hưởng đến cuộc sống của Shion, và cuộc hành trình phiêu lưu của cả hai trẻ em đã bắt đầu.