Keisuke là một học sinh lớp năm không có tin vào các thứ như ma, UFO, hoặc yêu quái. Tuy nhiên, gần đây, anh đã nhận ra rằng Natsume thường xuyên trễ về nhà và có kế hoạch kết hôn với ai đó. Khi anh phát hiện ra rằng Natsume đã đến một cơ quan thám tử youkai, anh chỉ có thể nghĩ rằng Natsume đang liên kết vào một cuộc chiến liên quan đến Keisuke. Cuộc phiêu lưu của anh bắt đầu từ đây với Youkai Watch: Shadow Side.
Takashi Natsume, một cậu bé có khả năng nhìn thấy yêu quái từ khi còn nhỏ. Cậu thừa kế cuốn "hữu nhân sổ", chính là bằng chứng mà người bà Reiko của cậu đã viết tên của các yêu quái để làm thuộc hạ, cậu đã cùng với người bảo hộ tự xưng, Nyanko-sensei, trải qua nhiều ngày đi trả lại tên cho những yêu quái . Ở nơi cuối cùng điều quan trọng Natsume đạt được là lặp lại các cuộc gặp gỡ và chia tay với yêu quái và cảm thấy mối quan hệ ngày càng sâu sắc với bạn bè...
